Спустя 30 лет после первой части, многое изменилось. Снега растаяли и природа Земли вернулась в нормальное состояние, но битва за "красное золото" продолжается и никто не намерен сдаваться. Россия и США продолжают ожесточённые битвы, а некогда могучая организация AZIX пала перед оружием врагов. Но в борьбу за ценное топливо включилась таинственная корпорация "Валькирия". Теперь тебе и твоей команде предстоит тяжёлая битва на острове "Маркессо".

Организация Кобра приняла решение поймать абсолютно всех редких животных и украсть все ресурсы природы... Ты - Покровитель Природы, ты не должен это допустить.