После событий в Splinter Cell: Double Agent агент Сэм Фишер оказался предоставлен самому себе. Его бывшие хозяева объявили его вне закона. Поэтому он вынужден скрываться. Со временем Сэм узнал, что в одной госструктуре что-то не в порядке. Его АНБ погрузилось в коррупцию, а бывшей его коллеге - специалисту по поддержки агентов «в поле» угрожает смертельная опасность.